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Text File  |  1995-03-04  |  2.5 KB  |  45 lines
  1. *****************************************************************
  2. * Aminotransferases class-V pyridoxal-phosphate attachment site *
  3. *****************************************************************
  4.  
  5. Aminotransferases  share certain mechanistic features with   other  pyridoxal-
  6. phosphate dependent enzymes, such as  the  covalent  binding of the pyridoxal-
  7. phosphate group  to  a  lysine  residue.  On the basis of sequence similarity,
  8. these various  enzymes  can  be  grouped [1,2] into subfamilies. One of these,
  9. called class-V, currently consists of the following enzymes:
  10.  
  11.  - Phosphoserine aminotransferase (EC 2.6.1.52), an enzyme which catalyzes the
  12.    reversible interconversion   of   phosphoserine   and   2-oxoglutarate   to
  13.    3-phosphonooxypyruvate and  glutamate.  It  is  required  both in the major
  14.    phosphorylated pathway   of   serine   biosynthesis   and   in   pyridoxine
  15.    biosynthesis. The  bacterial  enzyme  (gene  serC)  is  highly similar to a
  16.    rabbit endometrial progesterone-induced protein (EPIP), which is probably a
  17.    phosphoserine aminotransferase [3].
  18.  - Serine--pyruvate  aminotransferase  (EC 2.6.1.51). This enzyme also acts as
  19.    an alanine--glyoxylate  aminotransferase  (EC 2.6.1.44). In vertebrates, it
  20.    is located in the peroxisomes and/or mitochondria.
  21.  - Isopenicillin  N  epimerase  (gene  cefD).  This  enzyme is involved in the
  22.    biosynthesis of  cephalosporin  antibiotics  and  catalyzes  the reversible
  23.    isomerization of isopenicillin N and penicillin N.
  24.  - NifS, a protein  of  the  nitrogen  fixation  operon  of  some bacteria and
  25.    cyanobacteria. The  exact  function  of  nifS  is  not  yet known. A highly
  26.    similar protein has been found in budding yeast (gene NFS1 or SPL1).
  27.  - The small subunit of cyanobacterial soluble hydrogenase (EC 1.12.-.-).
  28.  
  29. The sequence around the pyridoxal-phosphate  attachment site  of this class of
  30. enzyme is sufficiently conserved to allow the creation of a specific pattern.
  31.  
  32. -Consensus pattern: [LIVMFY](2)-x(2)-[GSAC](2)-[HQ]-K-x(4,6)-G-x-[GSAT]-x-
  33.                     [LIVMFY]
  34.                     [K is the pyridoxal-P attachment site]
  35. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  36. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: 13.
  37. -Last update: June 1994 / Pattern and text revised.
  38.  
  39. [ 1] Ouzounis C., Sander C.
  40.      FEBS Lett. 322:159-164(1993).
  41. [ 2] Bairoch A.
  42.      Unpublished observations (1992).
  43. [ 3] van der Zel A., Lam H.-M., Winkler M.E.
  44.      Nucleic Acids Res. 17:8379-8379(1989).
  45.